Bibliometrics and I

Dear diary,

I’m attending a course about scientific publishing, and the other day there was lecture about bibliometrics by Lovisa Österlund and David Lawrence from the Linköping University library. I don’t think I know anyone who particularly likes bibliometrics, but I guess it makes sense that if one needs to evaluate research without trying to understand what it is about there are only citations, the reputation of the publication channel and the cv of the researcher to look at. I imagine it’s a bit like reviewing a novel in a language one doesn’t know. A couple of things occured to me, though.

What to do when different instruments of evaluation give different results? Take the two papers (so far) published during my PhD: they both deal with the genetics of chicken comb size; one is published in PLOS Genetics and one in Molecular Ecology. If we look at journal impact factors (and we shouldn’t, but say that we do), PLOS Genetics comes out ahead with an impact factor of 8.5 against 6.3. For those that do not know this about it, journal impact factor is the mean number of citations for papers in that journal the last two years calculated by Thomson Reuters in their own secret way. However, Linköping University has for some reason decided to use the Norwegian index for evaluating publication channels. I don’t know why, and I don’t think it matters that much for me personally, since the system will change soon and I will finish in about a year and a half. In the Norwegian system journals are ranked as level one or two, where two is better and is supposed to represent the top 20% of that subject area. According to their database, Molecular ecology is level 2, while PLOS Genetics is level 1. The source of the discrepancy is probably that PLOS Genetics is counted as biomedicine, while Molecular Ecology is biology, according to the Norwegian database.

They also mentioned Altmetrics, and I don’t know what to make of it. On one hand, I guess it’s good to keep tabs on social media. On the other hand, what do numbers of tweets really tell you, except that one of the authors has a Twitter account? One of the examples in the lecture was the metrics page for this paper that I happen to be a contributor to. It is actually pretty strange. It shows three tweets or 11 tweets, depending on where on the page you look. Also, when I accessed this page earlier today it linked a blog. Now it doesn’t. That says something about the ephemeral nature of internet media. Regardless, when I first saw the page I thought perhaps the metrics page had picked up on my post about the paper, but that was not the case. I don’t know how altmetric.com define a ”science blog”, maybe the blog has to be listed on some aggregation site or another, and I’m not pretending my post is particularly insightful or important. Still it’s a little strange that the altmetrics page doesn’t list a post by one of the authors about the paper, but listed a post that referred to the paper with only two sentences and was mistaken about the conclusion.

Annonser

Morning coffe: ”epigenetics” is also ambiguous

IMG_20140228_175448

I believe there is an analogy between the dual meaning of the word ”gene” and two senses of epigenetics, that this distinction is easy to get wrong and that it contributes to the confusion about the meaning of epigenetics. Gene can mean a sequence that has a name and a function, or it can mean a genetic variant. I sometimes, half-jokingly, call this genetics(1) and genetics(2). The order is wrong from a historical perspective, since the study of heritable variation predates the discovery of molecular genes. The first deals with the function of sequences and their products. The second deals with differences between individuals carrying different variants.

The same can be said about epigenetics. On one hand there is epigenetics(1), aiming to understand the normal function of certain molecular features, i.e. gene regulatory states that can be passed on through cell division. On the other hand, epigenetics(2) aims to explain individual variation between individuals that differ not in their DNA sequence but in other types of heritable states. And the recurring reader knows that I think that, since a lot of genetics(2) makes no assumptions about the molecular nature of the variation it studies, it will mostly work even if some of these states turn out to be epigenetic. In that sense, epigenetics(2) is a part of genetics.

#blogg100, språkförbistring och etologens topplista

Jag måste säga att jag är ganska nöjd med att det gått över 50 poster i #blogg100 innan jag skriver en post om #blogg100. Överhuvudtaget tycker jag att det fallit ganska väl ut så långt. Har lyckats avsluta och publicera ett gäng poster som legat och väntat ett bra tag. ”Åtminstone tre sorters osäkerhet”, till exempel, är ungefär ett halvår gammal. Jag hade väntat mig att komma på mig själv med många sluga knep för att dela upp poster på flera dagar, men jag har inte gjort så många dumheter, mer än posta korta länktips, rekommendationer och citat. Jag har i alla fall ingen intention att fortsätta om jag inte har något vettigt att säga, så det är mycket möjligt att jag lägger av innan etthundrastrecket och återgår till vanlig takt.

Min blogg lider av en viss språkförbistring (vilket jag skrivit om på engelska här). En del saker vill jag skriva på engelska så att eventuella icke-svensktalande läsare kan förstå. Samtidigt vill jag inte driva två bloggar. Någon måtta får det vara. Jag har ingen aning om ifall språkblandningen jag håller på med nu är en bra idé eller inte, men det får vara så tills vidare

Hur som helst är det inte bara jag som ägnar mig åt #blogg100-galenskaper. En annan deltagare med biologianknytning är Johan Lind, docent i etologi, som gör en topp 100-lista över djur med egna fotografier. Mycket fint och allmänbildande! Om jag gjorde en topplista skulle den bli betydligt kortare, men hönan skulle i alla fall komma på plats ett. Titta till exempel på nummer 98, mindre havsnål och nummer 83, Chromodoris reticulata!

E. O. Wilson and B. F. Skinner

E.O. Wilson: This is going to be a conversation that I will have with B.F. Skinner. This is Ed Wilson. He invited me to talk about sociobiology. Our relations have always been very friendly and I look forward to it. This should be an interesting talk this Thursday morning.
B.F. Skinner: We will start with a basic statement. I assume that you are what I call a behaviorist. You would accept that an organism is a biophysical and biochemical system, a product of evolution.
E.O. Wilson: I am.

B.F. Skinner: That would include not only genetic behavior, but also the kinds of behavior that can be learned because of genetic processes. Of course it (behavior) always goes back to genetics.

Naour, P (2009) E. O. Wilson and B. F. Skinner. A dialogue between sociobiology and radical behaviorism. New York: Springer.

Dagens rekommendation: The Dog Zombie

Naturligtvis är jag, som är en doktorand som bloggar, svag för att läsa doktorander som bloggar. Jessica Perry Hekman är en sådan och jobbar dessutom också med domesticering och beteendegenetik. Hur mycket bättre kan det bli?

Läs till exempel den här posten om Belyaevs rävar (något jag själv borde skriva om också) eller den här om Dias & Resslers studie om epigenetiskt arv och lukt (min post här).

Om varför alla inte har helskägg

Häromdagen kom en artikel om ”Negative frequency-dependent preferences and variation in male facial hair”. Eller, som TT:s skribent uttryckte det: ”Helskägg snart helt ute”. Nåja. Nu har jag kommit över min initiala bitterhet över att den här artikeln redan fått mer uppmärksamhet än min forskning någonsin kommer att få, och den kan faktiskt vara en helt okej liknelse för att beskriva frekvensberoende naturligt urval. Den handlar alltså inte om naturligt urval eller om hur evolutionen skulle format våra preferenser för eller emot skägg. Den handlar om hur skäggmode litegrann liknar evolutionära mönster som finns i naturen.

Frekvensberoende naturligt urval är en av de evolutionära processer som kan bevara genetisk variation i en population. Det finns andra, som i exemplet Soay-fårens horn, men allihop är fenomen som på något sätt förklarar varför naturligt urval inte sorterar bort all variation tills bara den bäst anpassade genetiska varianten finns kvar. Det är annars vad som borde hända i längden. Tänk dig att det finns två varianter av en gen, kalla dem A och a. Frekvensberoende urval är om urvalstrycket, alltså hur bra för fortplantningsförmågan A är i förhållande till a, beror på hur många A och a det finns i populationens genpool. Kanske ger A en stor fördel när det är ett relativt unikt anlag som få bär på, men sämre när nästan hela populationen bär på A. Det kan uppstå situationer där både A och a stabilt finns i populationen, men deras frekvenser skiftar fram och tillbaka.

För att det där ska verka mindre abstrakt: tänk dig skägg! Janif, Brooks & Dixson (2014) visade män och kvinnor bilder på män med mer eller mindre skägg och lät dem bedöma hur attraktiva de var. De visade grupper av bilder med olika sammansättning  av bilder med mycket eller lite skägg (en grupp med få renrakade, en med lika och en med få helskägg). De kom fram till att bedömningarna berodde på gruppens sammansättning. Skägg såg mer attraktivt ut om få av bilderna i gruppen hade skägg. Slätrakat såg mer attraktivt ut om få av bilderna var rakade. När det gällde stubb var det ingen större skillnad. Män och kvinnor bedömde attraktivitet typ likadant. Om en viss ansiktsfrisyr är ovanlig så förefaller den vara mer tilltalande än om den är vanlig.

Det finns exempel på liknande fenomen i naturen. Guppyhanar kommer med olika sorters ärftliga färgglada teckningar som inte verkar sorteras bort av naturligt urval. Hughes & co (2013) satte samman grupper där hanarna hade olika kombinationer av mönster och kom fram till att de sällsynta hanarna var de som fick flesta avkomma. Guppyhonor utövar frekvensberoende urval av ovanliga färgmarkeringar. Människor har alltså liknande preferenser för skägglängd, men där slutar också likheterna. Janif, Brooks & Dixson har inte hittat frekvensberoende naturligt urval för skägg. Låt oss gå igenom varför inte, i plågsam detalj:

1) En bedömning på skala -4 till 4 hur attraktivt ett ansikte är fungerar antagligen ganska dåligt som indikator på reproduktiv framgång. Naturligt urval verkar inte på snygghet, utan mängden avkomma. Det finns säkert något samband, men frågan är hur stor (obefintlig) roll skägg egentligen spelar när människor väljer partner.

2) Tidsperspektivet för skäggmode är betydligt kortare än människans generationstid. Eller: hur mycket skägg en människa väljer att ha är en väldigt plastisk egenskap. Den ändrar sig under livets gång och som svar på en mängd andra saker. Det finns garanterat någon sorts genetisk komponent (hårväxt verkar gå i släkten), men om skägg blivit inne på sista tiden är det inte huvudsakligen på grund av ärftlighet. Däremot är det möjligt att författarna hittat ett kulturell mönster som till sin dynamik liknar frekvensberoende naturligt urval. Kanske anpassar män sitt ansiktshår till frekvensen av olika frisyrer omkring dem för att de vill känna sig attraktivare.

3) Även om partnervalet skulle delvis hänga på skägget och skägget vara ärftligt, så finns det två andra viktiga frågor. Vilka andra egenskaper är kopplade till att ha skägg eller inte? Och vilka andra egenskaper vill kvinnor se hos en partner, förutom den typ av ansiktshår hon föredrar? Antagligen ganska många andra saker som antagligen är väldigt mycket viktigare. Därför är det inte säkert att preferenser för skägg eller inte skägg har någon effekt på partnerval och reproduktion överhuvudtaget! Detta fenomen kallas evolution i flera dimensioner och korrelationerna mellan egenskaper beskrivs av G-matrisen. Poängen är att om en bara tittar på en enda egenskap och urval i förhållande till den egenskapen kan en råka göra helt galna förutsägelser som inte har något med verkligheten att göra, ifall det skulle råka falla sig så att den egenskapen är korrelerad med andra egenskaper som också står under naturligt urval.

Förresten,

Återstår bara att gratulera alla slätrakade män. Ni är hetast! Just nu i alla fall.

Nja. Nu var det faktiskt så att slätrakat bedömdes minst attraktivt under alla tre förhållanden. Jo, var fler som föredrog slätrakat i gruppen med få rakade bilder än i gruppen med många slätrakade. Men det var ändå mindre populärt än någon skäggig variant.

(Potentiell intressekonflikt: undertecknad bär helskägg och tror inte att mänsklig kultur bör beskrivas med evolutionsliknelser.)

Litteratur

Janif, Z. J., Brooks, R. C., Dixson, B. J. (2014) Negative frequency-dependent preferences and variation in male facial hair. Biology letters. 10(4) 10.1098/rsbl.2013.0958

Hughes, K. A., Houde, A. E., Price, A. C., & Rodd, F. H. (2013). Mating advantage for rare males in wild guppy populations. Nature, 503(7474), 108-110.