There is grandeur in this view of life

martins bioblogg

Archive for the ‘med mera’ Category

Dagens rekommendation: Dom Wright i tidningen

leave a comment »

Häromveckan blev min handledare, Dominic Wright, intervjuad i Linköpingsposten med anledning av att han just blivit lektor. Några formuleringar är ganska lustiga men nåja. Det är dock sant att National Geographics skrev om vår förra vetenskapliga artikel om kamstorlek under överskriften ”Tales of the weird” (den primära artikeln var naturligtvis inte där, utan i PLOS Genetics). Dessutom gulliga kycklingbilder.

Written by mrtnj

13 april, 2014 at 12:17

Publicerat i med mera

Taggad med

Dagens rekommendation: Stressforskning öppnar för bättre djurhållning

leave a comment »

En liten video från Linköpings universitet om en del av forskningen som äger rum i AVIAN-gruppen, den metagrupp vid IFM Biologi som jag också tillhör. De som pratar är Pelle Jensen, professor i etologi (och min bihandledare) och Hanne Løvlie, forskarassistent. Hanne berättar om en del av sin forskning om höns personlighet, bland annat tillsammans med Josefina Zidar, doktorand och min kontorskamrat. De forskar bland annat på hur höns förmåga att lösa olika problem, som att lära sig hitta mat i en labyrint, och hur det hänger ihop med hur de beter sig i andra situationer som mäter olika personlighetsdrag. Pelle pratar om stress och genetik, två övergripande teman i mycket av vår forskning, och vad det är för nytta med kunskaper om höns.

En del av hönsen syns också i bild, både röda djungelhöns, den art som tamhönsen kommer ifrån, och vita domesticerade värphöns. Bland andra jag sysslar mycket med en korsningslinje mellan tama och vilda höns, men jag tror inte några sådana skymtar förbi. Vi använder både jämförelser mellan tama och vilda höns och korsningar dem emellan för att titta på den genetiska grunden för olika skillnader mellan vilt och tamt.

Written by mrtnj

12 april, 2014 at 11:52

Publicerat i med mera

Taggad med , , , ,

Dagens rekommendation: F Jalalvand m. fl. om värdet av mysko forskning

leave a comment »

Vi vet för lite om allt för att kunna lösa problem snabbt. Vi vet för lite om allt. Vi vet för lite om mänsklig genetik. Vi vet för lite om cellens metabolism. Vi vet för lite om samspelet mellan sjukdomsframkallande organism och värd. Vi har för få metoder. Vi vet för lite om allt. Och om den tillämpade forskningen ska ta reda på allt som den behöver för att kunna lösa problemen den är ämnad för att lösa hade den behövt tillbringa ett par 100-200 år åt det innan den kunde sätta igång med det verkliga arbetet (uppdiktade siffror, men play with me here).

Den här bloggposten av F Jalalvand, doktorand i mikrobiologi i Lund, är en gammal favorit om varför det är viktigt att forska om saker som inte verkar ha någon omedelbar nytta. Han radar upp en serie exempel, som inte alls är långsökta eller udda, på hur nyfikenhetsdriven forskning senare kommit att bli väldigt fruktbar även för tillämpad forskning. Bloggen är även övrigt mycket läsvärd.

Låt oss nu säga att en forskargrupp jobbar med att förstå och utveckla ett botemedel mot bröstcancer. Om forskarna hade själva behövt upptäcka Taq-polymeraset, GFP, RNA silencing och all annan kunskap och metodologi som härstämmar från grundforskning förstår ni att botemedlet hade dröjt.

Och om läsaren råkar ha tillgång till ett forskningsbibliotek finns det en kolumn i en vetenskaplig tidskrift av Patricia Brennan m.fl. som säger ungefär samma sak:

Brennan, Patricia LR, et al. (2014) Oddball Science: Why Studies of Unusual Evolutionary Phenomena Are Crucial. BioScience 64.3 178-179.

Written by mrtnj

6 april, 2014 at 16:55

Publicerat i citerat, med mera

Taggad med ,

Dagens rekommendation: Emily Pritchards up goer five om Ensembl

leave a comment »

Your body is made up of cells. Each of those cells has a lots of letters inside them, which tell the cell what to do. The order of the letters is very important. We get these letters from our parents and different people have slightly different letters, which is what makes people different on the outside.

Emily Pritchard arbetar med genomläsaren Ensembl och har skrivit en text om detta i stil med xckd:s Up goer five.

Written by mrtnj

5 april, 2014 at 17:28

Publicerat i med mera

Taggad med , ,

Dagens rekommendation: Vetenskapsmormor

with one comment

Eller -farmor. Grandma Got STEM är en blogg med äldre kvinnor som sysslar med vetenskap, teknik och matematik. Bara för att påminna om att det finns massor av kvinnor som pysslar med vetenskap och det är inget nytt. En del av dem har hunnit bli mor- och farmödrar. ”Förklara så att din mormor begriper”, är inget vidare bra exempel.

Och apropå det, min favorit-post-it-lapp fotograferad av Adam Gaffin.

På skylten står det: Can you solve one of our puzzles? Can you explain it to your mom?

Någon har satt dit en post-it-lapp: MY MOM HAS A PHD IN MATH

(Dessutom: Notera den fåniga lateraliseringen av hjärnan i annonsen.)

Written by mrtnj

23 mars, 2014 at 10:20

Publicerat i med mera

Taggad med

Dagens rekommendation: rosa bär av bakterier

leave a comment »

Jag gillar verkligen när författare till vetenskapliga artiklar skriver om historien bakom en artikel: vad de gjorde, lite hur arbetet utvecklades och, framför allt, varför ämnet är så roligt. Lizzy Wilbanks, som doktorerar i mikrobiologi, har skrivit en sådan om sin artikel Microscale sulfur cycling in the phototrophic pink berry consortia of the Sippewissett Salt Marsh (Wilbanks & co 2014). Det hon studerar är en sorts aggregat av bakterier som lever ihop och bildar rosa klumpar som ser ut som och kallas ”pink berries”. Bären består av svavelbakterier som ger dem den rosa färgen och andra bakterier som använder sulfatet de producerar. Det är ett kul exempel på samarbete mellan olika bakterier. Så gå och läs hela!

Written by mrtnj

15 mars, 2014 at 10:59

Publicerat i med mera, mikrobiologi

Taggad med ,

Åtminstone tre sorters osäkerhet

Någon gång i somras publicerade Cahill & co (2013) en vetenskaplig artikel om hur att äta eller inte äta frukost samt att äta sent på kvällen påverkar risken för kranskärlssjukdom. Ja, jag skriver ”påverkar”, för orsakssamband är precis det intressanta här. Även om författarna är duktiga forskare och medvetna om att association inte nödvändigtvis betyder klara orsakssamband, så är det vad vi vill veta. Inte om människor som tenderar att äta sent på kvällen sådär i allmänhet också tenderar att bli sjuka, utan om vi ska låta bli att äta sent på kvällen för att inte bli sjuka.

Men som alla vet är det där med orsak och verkan inte helt lätt — och det här var alltså en epidemiologisk observationsstudie där är det kan vara synnerligen knivigt. Men vad ska en göra då? Folk som slumpvis delas upp i grupper och tilldelas olika kost kan ju bara tänkas stå ut med det en kortare tid, så för att få veta något långtidseffekter på människor finns det inget annat sätt.

Jag tänker inte skriva så mycket om själva artikeln utan ta den som exempel på att det finns minst tre viktiga typer av osäkerhet som alla som analyserar och tolkar resultaten på något sätt behöver förhålla sig till. Artikeln, den här sammanfattningen, DN och Expressen gör det i olika grad och olika framgångsrikt.

1. Modellerad osäkerhet i skattningarna.

Den här typen av nog lättast att hantera — en statistisk metod värd namnet, oavsett allt annat, ger alltid någon sorts uppskattning av osäkerhet. Ibland uttrycks den i form av en sannolikhet men i det här fallet som ett intervall. Intervallet visar vilka värden som i någon mån är förenliga med data. I artikelns sammanfattning står intervallet 1,06-1,53 för riskkvoten som jämför de som äter frukost och inte — alltså en förhöjd risk på mellan 6% och 53%. Varken Medpage Today eller svenska tidningar uppger något annat än punktskattningen 27%. På ett sätt är det begripligt, för vad ska vi göra med intervallet? Konstatera att osäkerheten är stor, att 53% är en extremt stor riskökning men att 6% fortfarande är en hel del?

Å andra sidan, när osäkerheten är så här stor är det fånigt och hyfsat vilseledande att bara skriva 27% som om det vore en säker siffra. En mening om statistisk osäkerhet skulle nog gjort mer nytta för DN:s läsare än en om vad resultaten betyder för den diet som för tillfället är på modet. (Obs: Lita aldrig på bloggare i kostfrågor. Inte mig heller.) Det finns fler exempel, så klart. Härförleden skrev jag om en artikel om inflammationshämmande antikroppar som rapporterade en skillnad som mycket väl skulle kunna vara noll som om den vore ett starkt överraskande resultat. Eller ta Aftonbladets artiklar om sexuella vanor i somras som rapporterade ett gäng medelvärden men berättade väldigt lite om variationen inom grupper.

2. Osäkerhet som har med studiens upplägg att göra.

Här blir det genast svårare. Tyvärr räcker det inte alltid att titta på resultat och uppskattad osäkerhet för att veta om resultatet är trovärdigt. Ibland behöver en analysera studiens design och utförande. Kan den verkligen besvara  den fråga den är satt att besvara? En del av analysen kan vara att beräkna styrka, vilket handlar om ifall urvalet är stort nog och variationen liten nog för att det ska gå att detektera en effekt av rimlig storlek. Styrkeberäkningar kräver alltså att vi gör antaganden om vad det är vi väntar oss hitta och vad som är rimligt — och helst att vi tänker till i förhand.

Det finns flera problem med att försöka dra slutsatser från ett för litet material: en kan missa effekter som finns där eftersom att de drunknar i bruset, men vad som är ännu värre: de effekter som faktiskt är stora nog att märkas kommer ofta vara överskattningar och orimligt stora. Den här artikeln är i alla fall inget litet utgångsmaterial: omkring 27000 individer totalt, men när det kommer till att äta sent på natten är det bara 313 individer kvar som har den vanan.

Studien visade också att en sen måltid eller nattlig räd i kylskåpet är ännu värre för hjärthälsan än att hoppa över frukosten. Männen som uppgav att de åt efter att ha gått till sängs löpte 55 procents högre risk för hjärtsjukdom. (DN)

När jag läste det här tänkte jag ungefär: Skojar ni? 30% är stort nog, men 55%! Men den uppfattning att baserades helt på mitt eget huvud och uppfattningen att hälsa är komplicerat och att effekter borde vara små. Men lita inte på mig! Poängen är att vad som är rimligt går att studera. Om en tittar på ett par metaanalyser (alltså en studie som sammanställer resultaten många tidigare studier) av risken för kranskärlssjukdom finns bland annat: diabetes 1,9 (för män; för kvinnor 2,6; Lee & al 2000); passiv rökning 1,2-1,3 (He & al 1999) och 0,8 för de som äter mycket frukt och grönsaker (He & al 2007 ). Så frukost eller ej skulle vara ungefär jämförbart med passiv rökning; att äta sent värre, men inte lika illa som diabetes. Det kanske är rimligt; vad vet jag. Om 313 individer i högriskgruppen ger tillräcklig styrka för att trovärdigt kunna skatta lägre skillnader är inte lätt att veta när artikeln inte rapporterar någon formell styrkeanalys. Om inte är det stor risk att överskatta effekten.

Till studiens upplägg hör inte bara storleken utan frågan om systematiska fel. Fånigt exempel: den som vill uppskatta hur stor andel av Norrköpingsborna som håller på Vita hästen bör inte bara intervjua de som kommer ut från Himmelstalundshallen. En vanlig kritik mot olika typer av experimentell forskning på människor är att den använder folk som är WEIRD (”western, educated, and from industrialized, rich, and democratic countries … vita, välutbildade från industrialiserade, rika och demokratiska länder”) — kort och gott, det kan finnas skäl att ifrågasätta den frivilliga universitetsstudenten som modell för hela mänskligheten. Det finns en annan viktig del också, efter urvalet, nämligen förklaringsvariablerna (ovan: att äta frukost eller inte) och hur de hör ihop med andra variabler. Om en gör ett experiment går det ju att slumpvis tilldela försökspersoner att äta frukost eller inte äta frukost. Det kallas randomisering. Då kan en vara ganska säker på att isolera just effekten av frukost och inte en massa andra saker. Men i studien ovan är det ju inte fråga om slumpvis tilldelade frukostar och sena nätter, utan folks faktiska vanor. Det är ju möjligt och troligt att människor som hoppar över frukost också har andra vanor, som kanske inte är så hälsosamma, som påverkar deras risk för hjärtsjukdom. Och det för oss till den tredje typen av osäkerhet:

3. Osäkerhet om orsak och verkan.

Svårast. Jävligt svårt! Här är inte ens de lärde överens om hur en ska räkna alla gånger. Det finns i alla fall bra statistiska verktyg för att försöka hantera flera variabler som påverkar varandra: olika typer av statistiska modeller med olika sätt att ”justera för” variabler. För att fortsätta tanken från ovan: Författarna vill jämföra risken för hjärtsjukdom hos de som äter frukost och de som inte gör det, men det kan vara så att grupperna också skiljer sig på andra sätt som kan påverka risken för hjärtsjukdom: till exempel ålder och diet. Därför justerar de för demografi, diet och några livsstilsvariabler som de känner till om deltagarna. Det betyder att bygga en modell som inkluderar de variablerna förutom frukostvanor. Om modellen är bra så kan de uppskatta skillnaden mellan frukostätarna och frukosthopparna och ha viss kontroll på att den inte beror på de andra variablerna.

Men samtidigt går det inte att justera för vad som helst och hur som helst. I artikeln och i sammanfattningen jag länkade ovan står det att

The relationships between coronary heart disease and both skipping breakfast and eating late at night became nonsignificant after adjustment for potential mediators …

Författarna prövar alltså att justera för några ”potential mediators” i det här fallet är bland annat högt blodtryck. Att skillanden ”became nonsignificant” betyder att justeringen får den uppskattade skillnaden att krympa (så att det 95%-iga intervallet inte utesluter att effekten är noll). Vad betyder det? Det författarna menar med potentiellt medierande variabler är saker som orsakar hjärtsjukdom men som i sin tur skulle kunna påverkas av frukostvanor. Om ingen frukost ger högre blodtryck som ger högre risk för hjärtsjukdom borde uppskattningen av riskökningen mellan ingen frukost och frukost minska om vi justerar för blodtryck. De använder alltså justeringen som ett sätt att pröva om en del av skillnaden kan förklaras av högre blodtryck.

Men det gäller att hålla tungan rätt i munnen … Om en ska justera eller inte beror på orsakssambanden mellan variablerna. Om vi missar att justera för något som skiljer grupperna kan det ge helt fel resultat. Om vi justerar för något som är en följd av det vi är intresserade av riskerar vi att justera bort den intressanta effekten. Vilken uppskattning, ojusterad eller inte, som är den rätta beror på vad som är sant om fenomenet ifråga. Så, lite som att en behöver veta något om vilka effekter som är rimliga för att begripa effektstorlekar så måste vi redan veta något om orsak och verkan för att kunna resonera om det. (Pearl 2014)

Litteratur

Cahill & al (2013) Prospective Study of Breakfast Eating and Incident Coronary Heart Disease in a Cohort of Male US Health Professionals Circulation

He & al (1999) Passive Smoking and the Risk of Coronary Heart Disease — A Meta-Analysis of Epidemiologic Studies New England journal of medicine

He & al (2007) Increased consumption of fruit and vegetables is related to a reduced risk of coronary heart disease: meta-analysis of cohort studies Journal of human hypertension

Lee & al (2000) Impact of diabetes on coronary artery disease in women and men: a meta-analysis of prospective studies Diabetes care

Pearl (2013) Understanding Simpson’s Paradox. Förtryck på författarens webbsida

Written by mrtnj

12 mars, 2014 at 18:01

Publicerat i med mera

Taggad med , , , ,

Hönan och ägget

leave a comment »

På samma tema som igår, nämligen ofta ställda men lite aviga frågor: vad kom först, hönan eller ägget? Ägget, naturligtvis. Så många av hönans både nära och avlägsna släktingar lägger ägg, vilket betyder att deras gemensamma släktingar med största säkerhet lade ägg och alltså måste ägget vara oerhört, oerhört mycket äldre än hönan som art. Vad kom först, hönan eller hönsägget? Hönsägget, kanske. Det är inte helt enkelt att definiera arter, men om vi föreställer oss att det finns någon punkt där en individer i en population av för-höns ackumulerat tillräckligt många hönslika egenskaper för att vara det vi skulle kalla en höns så började de i alla fall sina liv som ägg. Alltså fanns hönsägg innan det fanns vuxna höns. Eller så är hönor bara en sorts teoretiska efterhandskonstruktioner människor använder för att göra naturens röra hanterbar.

Written by mrtnj

8 mars, 2014 at 10:16

”Ytterligare en studie vi valde bort att rapportera” är inte en referens

leave a comment »

Uppdatering: Åtminstone Sveriges radio har uppdaterat sin krönika med referenser! Hurra!

Att skriva om resultat från vetenskapliga artiklar utan att referera till dem är en fruktansvärt dålig vana, men tyvärr normen bland journalister. Jag förstår inte hur en kan umgås med vetenskapssamhället någon längre tid utan att fatta det här själv, men låt mig tjata lite: Referat utan referens är aldrig okej! Jag har förstått att det är andra regler om texter, originalitet och källor inom journalistiken; svenska journalister gör till exempel ofta vad som närmast är översättningar av artiklar i brittiska tidningar med i bästa fall en bisats som säger ”enligt The Guardian”, men det här är inte en fråga om upphovsrätt, utan om trovärdighet. Som student vid ett universitet blir en utsatt för långa utläggningar om hur referensformatering ska gå till, men det är faktiskt inte så himla viktigt precis hur referensen ser ut; när det gäller texter på internet hade det räckt väldigt bra med en länk i artikeln. Alla vetenskapliga tidskrifter värda namnet har standardiserade Digital object identifier-nummer som bör medfölja pressmeddelandet, i värsta fall kan fås från författaren — och förresten, borde journalisten inte själv läst den vetenskapliga artikeln, antagligen via just den länken? Bara det går att hitta studien och läsa mer.

Därför är det ingen ursäkt att texten ifråga inte är ett referat utan en krönika som resonerar om innehållet. Och därför är det heller ingen ursäkt om det rör sig om en intervju med en av författarna och att journalisten bara citerar och sammanfattar det hen sa om sin vetenskapliga artikel. För att läsaren själv ska kunna bedöma om analysen är trovärdig måste hen kunna spåra vilka artiklar det gäller. Det blir särskilt ironiskt i samband med två krönikor av Ulrika Björkstén och Karin Bojs (bakom betalvägg) som båda handlar om forskningens trovärdighet och kritiserar en forskargrupp för hur de använder statistiska metoder. Utan att nämna forskarna vi namn eller referera till artiklarna de analyserar och beskriver! Om jag skulle hitta på en hypotetisk situation då det är helt oförlåtligt att inte ge en fullständig referens så skulle det vara när en skriver en kritisk teknisk kommentar, vilket är vad de gör om än på populär/vetenskaplig nivå. Tankeexperiment: jag återkommer till Björksténs krönika om fyra år och blir nyfiken. Hur sjutton ska jag då kunna hitta ”[y]tterligare en studie vi valde bort att rapportera”? Ibland är journalisterna nådiga nog att ge i alla fall namnet på en tidskrift eller en av författarnas namn, men inte ens det. I sak tror jag både Björkstén och Bojs har rätt i sin kritik av analysen av Överkalix-studien (Bygren & al (2014) BMC Genetics), och jag skulle vilja skriva ett positivt blogginlägg som hejade på dem. Det är hemskt irriterande att inte ens de, som kanske är bäst i Sverige, kan få referenserna rätt.

Written by mrtnj

2 mars, 2014 at 10:59

Efter NBIA25: Vad jag vill lära ut

leave a comment »

Nu är NBIA25 inte riktigt över än, men min insats är mer eller mindre klar. Idag är ett tillfälle så gott som något att fundera på vad jag med min undervisning — alltså, förutom att göra ett gott nog jobb så att studenterna och de andra lärarna blir nöjda och göra det så pass effektivt att jag har tid att samtidigt forska och ta hand om andra plikter. Hur ser jag på min undervisning? Jag är inte särskilt bra på pedagogik och inte direkt en expert på ämnet heller (utom när jag undervisar just i genetik, möjligen); jag brukar tänka att min enda egentligen tillgång är att jag tycker vetenskap är väldigt roligt. För det gör jag: även de enkla försöken i cellbiologi är roliga och lite eleganta och när vi sedan kommer till NBIC45, molekylärgenetik, kommer vi ju få göra PCR!

Så helst av allt vill jag förmedla att vetenskap är roligt och att vetenskap, på ett sätt, är lätt. Ta Salgueiro & co (1988), som jag inofficiellt rekommenderar som läsning till labb B. I labb B utsätter vi alltså jäst för en hyfsat hög koncentration etanol så att dess cellmembran börjar läcka. Naturlig fråga: hur mycket etanol tål cellmembranet innan det börjar läcka? För att ta reda på det behövs i princip ingen utrustning eller djupare tankeprocess än att vi skulle kunna göra det i labbet. Kolla metoderna och resultaten i artikeln! Nu det här ett ganska blygsamt försök, men poängen är att vetenskaplig kunskap är inom räckhåll. Det är inte så svårt.

Insikt nummer 2 som jag vill förmedla: Vetenskap är samtidigt svårt! Titta på labb C, där vi räknar fagocyterade jästceller i neutrofiler. Försöksuppställningen är enkel nog: blod får koagulera på glas; neutrofilerna fäster vid glaset; vi matar dem med jästceller och behandlar dem med serum eller kontroll; vi kan genomföra allt på ett par timmar. Titta på de data vi får: det är rörigt med tydlig preparat- och observatörseffekt. Inte nog med att olika grupper ser olika antal jästceller per neutrofil i kontrollprovet (ibland noll, ibland ett medel på en handfull), dessutom får grupperna helt olika uppskattningar av effekten av serum. En del av ser en stor effekt; en del ser ingen effekt alls och en del ser en effekt i motsatt riktning mot den väntade. Antag att det skulle gälla något livsviktigt eller kontroversiellt — säg effekten av en medicin — och inte blodserums effekt på neutrofiler. Hur skulle du planera och utföra det här experimentet så att det ger trovärdiga resultat? Det är väldigt svårt.

Written by mrtnj

1 mars, 2014 at 14:29

Publicerat i cellbiologi, med mera

Taggad med ,

Följ

Få meddelanden om nya inlägg via e-post.

Gör sällskap med 1 096 andra följare