There is grandeur in this view of life

martins bioblogg

Archive for the ‘med mera’ Category

Dagens rekommendation: Hans Rosling

leave a comment »

TED talks är ofta inget vidare men det finns lysande undantag. Hans Roslings tal är några av dem. Ed Yong, som jag rekommenderade häromveckan, ett annat.

Se inte bara den här videon, utan leta runt lite på Youtube.

Några saker att lägga märke till:

Rosling använder inte vilken visualisering som helst; han använder en visualisering som är en polerad variant av ett enkelt diagram med prickar.

Han drar slutsatser från modeller, inte bara grafik. Dels lutar han sig på demografiska modeller, som såvitt jag förstår är mekanistiska modeller över hur populationen av människor kommer växa. Dels extrapolerar han trender i sina diagram. Utan att han säger det skulle jag tro att det skulle motsvara linjära modeller.

Förutom att han uppenbarligen funderat mycket på vilka illustrationer han ska använda, så är han bra på att kalibrera sina jämförelser och ställa dem i relation till begripliga saker. Det är inget som kommer ur siffrorna, utan en fråga om tolkning.

Och, viktig: Rosling tolkar sina modeller som orsakssamband, inte bara som associationer. Han är intresserad av frågor om vad människor borde göra och vad som kommer hända då. Det är inte heller något som går att utläsa ur siffrorna. Det kräver tolkning och antaganden om orsakssamband, men är en oumbärlig del av Roslings argument.

Written by mrtnj

29 april, 2014 at 19:52

Publicerat i med mera

Tagged with , , ,

Bibliometrics and I

leave a comment »

Dear diary,

I’m attending a course about scientific publishing, and the other day there was lecture about bibliometrics by Lovisa Österlund and David Lawrence from the Linköping University library. I don’t think I know anyone who particularly likes bibliometrics, but I guess it makes sense that if one needs to evaluate research without trying to understand what it is about there are only citations, the reputation of the publication channel and the cv of the researcher to look at. I imagine it’s a bit like reviewing a novel in a language one doesn’t know. A couple of things occured to me, though.

What to do when different instruments of evaluation give different results? Take the two papers (so far) published during my PhD: they both deal with the genetics of chicken comb size; one is published in PLOS Genetics and one in Molecular Ecology. If we look at journal impact factors (and we shouldn’t, but say that we do), PLOS Genetics comes out ahead with an impact factor of 8.5 against 6.3. For those that do not know this about it, journal impact factor is the mean number of citations for papers in that journal the last two years calculated by Thomson Reuters in their own secret way. However, Linköping University has for some reason decided to use the Norwegian index for evaluating publication channels. I don’t know why, and I don’t think it matters that much for me personally, since the system will change soon and I will finish in about a year and a half. In the Norwegian system journals are ranked as level one or two, where two is better and is supposed to represent the top 20% of that subject area. According to their database, Molecular ecology is level 2, while PLOS Genetics is level 1. The source of the discrepancy is probably that PLOS Genetics is counted as biomedicine, while Molecular Ecology is biology, according to the Norwegian database.

They also mentioned Altmetrics, and I don’t know what to make of it. On one hand, I guess it’s good to keep tabs on social media. On the other hand, what do numbers of tweets really tell you, except that one of the authors has a Twitter account? One of the examples in the lecture was the metrics page for this paper that I happen to be a contributor to. It is actually pretty strange. It shows three tweets or 11 tweets, depending on where on the page you look. Also, when I accessed this page earlier today it linked a blog. Now it doesn’t. That says something about the ephemeral nature of internet media. Regardless, when I first saw the page I thought perhaps the metrics page had picked up on my post about the paper, but that was not the case. I don’t know how altmetric.com define a ”science blog”, maybe the blog has to be listed on some aggregation site or another, and I’m not pretending my post is particularly insightful or important. Still it’s a little strange that the altmetrics page doesn’t list a post by one of the authors about the paper, but listed a post that referred to the paper with only two sentences and was mistaken about the conclusion.

Written by mrtnj

24 april, 2014 at 18:05

#blogg100, språkförbistring och etologens topplista

with one comment

Jag måste säga att jag är ganska nöjd med att det gått över 50 poster i #blogg100 innan jag skriver en post om #blogg100. Överhuvudtaget tycker jag att det fallit ganska väl ut så långt. Har lyckats avsluta och publicera ett gäng poster som legat och väntat ett bra tag. ”Åtminstone tre sorters osäkerhet”, till exempel, är ungefär ett halvår gammal. Jag hade väntat mig att komma på mig själv med många sluga knep för att dela upp poster på flera dagar, men jag har inte gjort så många dumheter, mer än posta korta länktips, rekommendationer och citat. Jag har i alla fall ingen intention att fortsätta om jag inte har något vettigt att säga, så det är mycket möjligt att jag lägger av innan etthundrastrecket och återgår till vanlig takt.

Min blogg lider av en viss språkförbistring (vilket jag skrivit om på engelska här). En del saker vill jag skriva på engelska så att eventuella icke-svensktalande läsare kan förstå. Samtidigt vill jag inte driva två bloggar. Någon måtta får det vara. Jag har ingen aning om ifall språkblandningen jag håller på med nu är en bra idé eller inte, men det får vara så tills vidare

Hur som helst är det inte bara jag som ägnar mig åt #blogg100-galenskaper. En annan deltagare med biologianknytning är Johan Lind, docent i etologi, som gör en topp 100-lista över djur med egna fotografier. Mycket fint och allmänbildande! Om jag gjorde en topplista skulle den bli betydligt kortare, men hönan skulle i alla fall komma på plats ett. Titta till exempel på nummer 98, mindre havsnål och nummer 83, Chromodoris reticulata!

Written by mrtnj

22 april, 2014 at 18:04

Publicerat i med mera

Tagged with

Dagens rekommendation: The Dog Zombie

leave a comment »

Naturligtvis är jag, som är en doktorand som bloggar, svag för att läsa doktorander som bloggar. Jessica Perry Hekman är en sådan och jobbar dessutom också med domesticering och beteendegenetik. Hur mycket bättre kan det bli?

Läs till exempel den här posten om Belyaevs rävar (något jag själv borde skriva om också) eller den här om Dias & Resslers studie om epigenetiskt arv och lukt (min post här).

Written by mrtnj

20 april, 2014 at 12:57

Publicerat i med mera

Tagged with ,

Från undervisningslabbet

leave a comment »

IMG_20140409_135104 IMG_20140408_201345 IMG_20140409_160510 IMG_20140409_160455 IMG_20140409_151733 IMG_20140409_151721 IMG_20140409_151552 IMG_20140409_151444 IMG_20140409_140901 IMG_20140409_135115

Written by mrtnj

19 april, 2014 at 10:58

Publicerat i med mera

Tagged with ,

Dagens rekommendation: Dom Wright i tidningen

leave a comment »

Häromveckan blev min handledare, Dominic Wright, intervjuad i Linköpingsposten med anledning av att han just blivit lektor. Några formuleringar är ganska lustiga men nåja. Det är dock sant att National Geographics skrev om vår förra vetenskapliga artikel om kamstorlek under överskriften ”Tales of the weird” (den primära artikeln var naturligtvis inte där, utan i PLOS Genetics). Dessutom gulliga kycklingbilder.

Written by mrtnj

13 april, 2014 at 12:17

Publicerat i med mera

Tagged with

Dagens rekommendation: Stressforskning öppnar för bättre djurhållning

leave a comment »

En liten video från Linköpings universitet om en del av forskningen som äger rum i AVIAN-gruppen, den metagrupp vid IFM Biologi som jag också tillhör. De som pratar är Pelle Jensen, professor i etologi (och min bihandledare) och Hanne Løvlie, forskarassistent. Hanne berättar om en del av sin forskning om höns personlighet, bland annat tillsammans med Josefina Zidar, doktorand och min kontorskamrat. De forskar bland annat på hur höns förmåga att lösa olika problem, som att lära sig hitta mat i en labyrint, och hur det hänger ihop med hur de beter sig i andra situationer som mäter olika personlighetsdrag. Pelle pratar om stress och genetik, två övergripande teman i mycket av vår forskning, och vad det är för nytta med kunskaper om höns.

En del av hönsen syns också i bild, både röda djungelhöns, den art som tamhönsen kommer ifrån, och vita domesticerade värphöns. Bland andra jag sysslar mycket med en korsningslinje mellan tama och vilda höns, men jag tror inte några sådana skymtar förbi. Vi använder både jämförelser mellan tama och vilda höns och korsningar dem emellan för att titta på den genetiska grunden för olika skillnader mellan vilt och tamt.

Written by mrtnj

12 april, 2014 at 11:52

Publicerat i med mera

Tagged with , , , ,

Följ

Få meddelanden om nya inlägg via e-post.

Gör sällskap med 1 136 andra följare