Archive for the ‘med mera’ Category
Att tolka agarosgel
Några ord och bilder om att tolka och tyda resultaten av agarosgelelektrofores:
Undervisning: agarosgelelektrofores
Typa mikrosatelliter med pcr och agarosgelelektrofores: pedagogiskt exempel på hur molekylärbiologi är väntetidernas biologi. Det är ju ganska komiskt att de två (jämförelsevis) komplicerade stegen dna-isolering och pcr hinns med på kanske tre timmar medan att köra en gel tar fyra. Ändå var separationen lite sådär. Vi kan dra till med högre agaroskoncentration, men då kommer det ta ännu mer tid.
Hjärtliga gratulationer
Charles Darwin (12 februari 1809 – 19 april 1882)
Födelsedagen firas med följande väl tajmade artikel i BMC Genomics: Rands m fl. (många fler) Insights into the evolution of Darwin’s finches from comparative analysis of the Geospiza magnirostris genome sequence. Dessutom: historien bakom artikeln från en av författarna, Jonathan Eisen. Artikeln handlar om sekvenseringen av en av arterna och jämförelser med andra fågelgenom. Det kanske blir mer om den en annan dag, men tills dess:
(Plate XXXVI, Geospiza magnirostris, The zoology of the voyage of H.M.S. Beagle)
Using R: writing a table with odd lines (GFF track headers)
The other day, I wanted to add track lines to a GFF file, so that I could view different features as separate custom tracks in a genome browser. The need to shuffle genome coordinates between different file formats seems to occur all the time when you deal with some kind of bioinformatic data. It’s usually just text files; one just has to keep track of whether the positions should start on 0 or 1 and whether the end should include the last base or not . . .
> head(gff)
seqname source feature start end score strand 1 5 protein_coding mRNA 169010747 169031776 . + 2 5 protein_coding protein 169015421 169021641 . + 3 5 protein_coding five_prime_UTR 169010747 169010893 . + 4 5 protein_coding five_prime_UTR 169015398 169015420 . + 5 5 protein_coding CDS 169015421 169015579 . + 6 5 protein_coding CDS 169018052 169018228 . + frame group 1 . ID=ENST00000504258;Name=CCDC99-005;Parent=ENSG00000040275 2 . ID=ENSP00000421249;Name=CCDC99-005;Parent=ENST00000504258 3 . Parent=ENST00000504258 4 . Parent=ENST00000504258 5 0 Name=CDS:CCDC99;Parent=ENST00000504258 6 0 Name=CDS:CCDC99;Parent=ENST00000504258
The above example consists of a few lines from the Ensembl human database, not the actual tracks I was interested in. Anyway, this is what I did: instead of using write.table() directly, explicitly open a file for writing, first write some track line, then write the relevant subset, and repeat.
tracks <- unique(gff$feature)
connection <- file("separate_tracks.gff", "w")
for (k in 1:length(tracks)) {
writeLines(paste("track name=", tracks[k], sep=""), connection)
write.table(subset(gff, feature==tracks[k]),
sep="\t", row.names=F, col.names=F,
quote=F, file=connection)
}
close(connection)
Referensen de glömde: H1N1-influensadödlighet 2009
Dawood m. fl (2012) Estimated global mortality associated with the first 12 months of 2009 pandemic influenza A H1N1 virus circulation: a modelling study. Lancet Infectious Diseases. Publicerad online 26 juli 2012. doi:10.1016/S1473-3099(12)70121-4
Det här är alltså den artikel som nämns bland annat i DN idag. Den verkar tyvärr inte vara tillgänglig utan prenumeration. SR har, som vanligt, varit bättre med att ge en referens.
En rekommendation till
Ännu en länk i min fortsatta frånvaro: fantastiska bilder av små saker är en av anledningarna att ägna sig åt biologi.
Tre rekommendationer
I brist på egna poster (ännu ett semesterprojekt som inte riktigt blev av) tänkte jag ge några förslag för den som vill fylla vetenskapsnördkvoten:
Sund skepsis gör ungefär vad jag brukar göra med nyhetsartiklar om biologi — men oftare, mer systematiskt och koncentrerat på medicin — det vill säga tittar närmare på olika notiser om vetenskap och spårar deras källor. Det är trevligt och mycket bekvämare än att själv söka upp referenser (även om författaren håller sig med ett betygssystem som jag inte riktigt förstår vitsen med).
The Biofashion Blog skrivs av två linköpingsstudenter, varav jag haft nöjet att undervisa en i genuttrycksanalys förra terminen. Det rör sig om precis vad det låter som — en blogg om mode och bioteknik. (Såhär cool kan du bli om du läser något av biologiprogrammen vid LiU — lägg märke till att det står ”DNA-extraktion från kiwi” på tavlan; det var en labbdemonstration som Malin och Kristina körde för besökande högstadieelever.)
Abbie Smith (a.k.a. erv, min favoritvirusbloggare!) presenterar immunförsvaret och virus för lekmän med intresse för evolution — skojigt, och påminner mig om att en verkligen borde kolla upp det adaptiva immunförsvaret … (Missa inte när hon liknar B-celler vid maffiachefer och klädsnobbar.)
Från Uppsala
Det här är ingen bloggpost med någon större substans, utan bara ett glatt utrop från Uppsala, där jag är på en workshop om QTL-kartläggning (genetisk kartläggning av kvantitativa egenskaper — alltså sådana fenotyper som kan mätas på någon mer sofistikerad skala än på/av) på EBC. Första dagen har bestått av fantastiska föreläsningar, särskilt John Willis om gyckelblomman (Mimulus guttatus) och dess genetik, och Erik Postma om inavel och deras sjukt imponerande arbete med sångsparvarna (Melospiza melodia) på Mandarte Island. (Middagsdiskussion om genetisk annotation och genuttryckskartläggning inte att förglömma.)
Imorgon ser vi fram emot mer QTL, RNA-mätningar och massivt parallell DNA-sekvensering!
En sjungen introduktion till maternella effekter
(Eller moderseffekter, som jag nog hellre skulle säga — det är hur som helst förmodligen den vanligaste och viktigaste formen av icke-genetiskt biologiskt arv. Nu finns det, åtminstone bland oss däggdjur, tydligen faderseffekter också, bland annat i form av genetisk prägling. Men modern har fortfarande betydligt fler möjligheter att överföra saker till det växande embryot.)
Just like two strands of DNA are spirally entwined, your nature and your nurture inspiringly combined…
