There is grandeur in this view of life

martins bioblogg

Using R: writing a table with odd lines (again)

leave a comment »

Let’s look at my gff track headers again. Why not do it with plyr instead?

d_ply splits the data frame by the feature column and applies a nameless function that writes subsets to the file (and returns nothing, hence the ”_” in the name). This isn’t shorter or necessarily better, but it appeals to me.

library(plyr)
connection <- file("separate_tracks_2.gff", "w")
d_ply(gff, "feature", function(x) {
  writeLines(paste("track name=", x$feature[1], sep=""), connection)
  write.table(x, sep="\t", row.names=F, col.names=F,
              quote=F, file=connection)
})
close(connection)
About these ads

Written by mrtnj

31 januari, 2013 at 22:45

Publicerat i data analysis, english

Tagged with ,

Kommentera

Fyll i dina uppgifter nedan eller klicka på en ikon för att logga in:

WordPress.com Logo

Du kommenterar med ditt WordPress.com-konto. Logga ut / Ändra )

Twitter-bild

Du kommenterar med ditt Twitter-konto. Logga ut / Ändra )

Facebook-foto

Du kommenterar med ditt Facebook-konto. Logga ut / Ändra )

Google+ photo

Du kommenterar med ditt Google+-konto. Logga ut / Ändra )

Ansluter till %s

Följ

Få meddelanden om nya inlägg via e-post.

Gör sällskap med 1 136 andra följare

%d bloggers like this: